Логотип журнала "Провизор"








A. A. Тарасов

Мишени воздействия и зависимости между структурой и активностью антибиотиков

Институт кибернетики им. Глушкова НАН Украины,
Харьковский институт микробиологии и иммунологии им. И. И. Мечникова

Для выяснения механизмов действия лекарств на молекулярном уровне необходимо выявить минимальные условия узнавания как основу понимания того, как разнообразный набор химических структуp может активировать один и тот же рецептор. Молекулярное узнавание решающим образом зависит от трехмерного распределения электронной плотности в молекуле, и логической целью попыток вывести условия узнавания является определение конформации лекарства в комплексе с рецептором. Ниже на примере хорошо известных антибиотиков — производных триметоприма и b-лактамных препаратов — кратко затронуты вопросы, в какой степени понятна сейчас связь между структурой и активностью на уровне молекулярных мишеней взаимодействия и как зависимости активности от структурных особенностей могут быть использованы для конструирования перспективных противомикробных препаратов.

Антимикробная активность всех беталактамов обусловлена двумя обстоятельствами: высокой реакционной способностью беталактамного кольца — при его раскрытии ацилируются ОН- или NH- группы, и сходством консервативной части молекулы беталактамного антибиотика с одним из переходных состоянии конформации D-аланил-D-аланинового фрагмента пептидных цепочек пептидогликана, попадающего в активный центр транспептидаз и D-аланинкарбоксипептидаз. Все внедренные в клинику беталактамы подавляют синтез пептидогликана за счет инактавации транспептидаз, участвующих в синтезе полимера. Однако множественность этих ферментов обуславливает и множественность мишеней для беталактамов в структурах. Среди энзимов — объектов воздействия триметоприма и b-лактамных препаратов — пространственная структура изучена только у двух: дигидрофолатредуктазы кишечной палочки и карбоксипептидазы/тpaнcпeптидазы Streptomices R 61 (Cpase/TRase S. R 61). Наибольший прогресс достигнут в изучении пространственной структуры дигидрофолатредуктазы, являющейся объектом воздействия триметоприма, что находит теперь практическое применение и при конструировании лекарств. Сравнительно хорошо проанализирована также и структура мишеней воздействия b-лактамных препаратов. Среди них в качестве модельного энзима подробно изучена карбоксипептидаза/транспептидаза Streptomices R 61. В качестве энзимов, вступающих в реакцию с b-лактамом, кроме карбоксипептидазы/транспептидазы, известна также b-лактамаза. Все эти энзимы имеют в активном центре серин. Третьим от серина вдоль аминокислотной цепи всегда следует лизин, во многих случаях за лизином следует фенилаланин. Сходный характер первичной структуры является также общим для многих пенициллинсвязывающих белков, что дает основание предположить генетическую общность энзимов, вступающих в реакцию с b-лактамом.

Следует отметить, что энзим карбоксилпептидаза/транспептидаза Streptomiсes R 61 является производимым вне клетки растворимым белком, который сравнительно легко кристаллизуется и потому может быть исследован с помощью рентгеноструктурного анализа. Однако этот энзим является модельной системой, а не подлинной мишенью, подлежащей уничтожению b-лактамным препаратом. Подлинные же энзимы — объекты воздействия b-лактамных препаратов — ввиду их низкой растворимости и большой молекулярной массы, пока не удается закристаллизовать, а следовательно и расшифровать их с помощью рентгеноструктурного анализа. Таким образом, прямые экспериментальные исследования структуры мишеней воздействия антибиотиков пока что крайне ограничены. Отсутствие детальных данных о пространственной структуре молекулярных мишеней существенно сдерживает процесс выявления зависимостей структура—активность и последующее конструирование лекарств. В этой ситуаций возрастает роль исследований структуры мишеней путем воздействия на них ряда химических соединений известной структуры и последующего анализа связей структура—уровень бактерицидного действия. Выявление таких связей позволяет составить определенное представление о структуре мишеней и, основываясь на такой гипотетической модели структуры мишени, осуществить синтез перспективных лекарственных средств.

Активность антибиотиков почти во всех случаях измеряется величиной бактерицидного действия, а именно — минимальной ингибирующей концентрацией — МИК (или МІС). Этот показатель зависит не только от способности препарата воздействовать на мишень, но также и от влияния таких факторов, как проницаемость мембраны для препарата, его активация ферментами и др. При осуществлении поиска эффективных лекарственных препаратов МИК имеет первостепенное значение. Однако для того, чтобы по силе бактерицидного действия можно было судить об эффективности воздействия антибиотика непосредственно на мишень (то есть о воздействии как акте бимолекулярного узнавания); влияние барьера проницаемости и инактивирующих ферментов должно быть учтено. Действительно, как показали сравнительные исследования зависимостей между сродством b-лактамных препаратов с ПСБ и величиной их бактерицидного действия в отношении обычного штамма Е. соli (штамм LD 2) и штамма мутанта (штамм PG 12), лишенного b-лактамазы и барьера проницаемости, в первом случае имела место слабая корреляция (r = 0,613) между МИК и І50 (концентрацией, обеспечивающей 50-процентное ингибирование ПСБ 1, 2 и 3), тогда как во втором случае, у штамма PG 12, взаимосвязь этих параметров оказалась очень сильной: коэффициент корреляции r составил 0,941 (рис. 1). Обращает на себя внимание интересный факт, иллюстрируемый последней зависимостью. Как известно, цефалоспорины подвергались постоянному улучшению путем модификации его химической структуры, и теперь имеется несколько поколений этого препарата. Если рассматривать этот процесс с точки зрения сродства препарата к ПСБ, то оказывается, что сродство цефазолина, представителя первого поколения, относительно низко (показатель І50 составляет около 1 мкг/мл). У препаратов второго поколения, например, у цефуроксима, сродство на порядок выше. Что касается препаратов третьего поколения (например цефотаксим), то их сродство еще на порядок выше. Таким образом, усиление бактерицидного действия препаратов цефалоспоринового ряда в отношении грамотрицательных бактерий вызывается повышением сродства к ПСБ — параметра, отражающего именно структурные особенности, необходимые для эффективного молекулярного взаимодействия. А значит сила бактерицидного действия в общем может быть объяснена ингибированием ПСБ. Однако детальное содержание этого взаимодействия на молекулярном уровне все еще остается не выясненным. Можно полагать, что, благодаря прогрессу в области генной инженерии, гены, отвечающие за синтез ПСБ, станет возможным подвергать клонированию и что отдельные из ПСБ удастся закристаллизовать. Тот факт, что была осуществлена кристаллизация ПСБ 1В кишечной палочки — белка с молекулярной массой около 90 000 — дает основания рассчитывать на дальнейший прогресс в этой области. Можно ожидать, что и рентгеноструктурный анализ белковых структур, благодаря совершенствованию методов расшифровки и распространению суперкомпьютеров, значительно ускорится.





© Провизор 1998–2017



Грипп у беременных и кормящих женщин
Актуально о профилактике, тактике и лечении

Грипп. Прививка от гриппа
Нужна ли вакцинация?
















Крем от морщин
Возможен ли эффект?
Лечение миомы матки
Как отличить ангину от фарингита






Журнал СТОМАТОЛОГ



џндекс.Њетрика